The target of our research is to clarify the “meaning” of the Genome. Genome sequences include various types of information, not only the amino-acid sequences of proteins, but their regulations, non-coding RNAs, and every history of evolution in our ancestors. We analyze DNA/RNA/protein sequences, their regulations, their functions, their structures, their interactions and their evolution using various types of mathematical models, which usually include statistics. Our favorites are stochastic models, machine learning theory, and dynamic programming.
We are not the people who simply analyze biological data using software tools which someone else developed. We don’t want to use software black boxes for the analyses.
We have been developing software for the analysis of DNA/RNA sequences, including gene finding, structural alignment of RNA sequences, and secondary structure prediction of RNA sequences, next-gen sequence analysis.
Asai Lab is mainly located in Artificial Intelligence Research Center (AIRC) of AIST in Tokyo Waterfront, and few members in Kashiwa Campus. Currently all the students are studying at AIRC.

浅井研究室ではバイオインフォマティクス(情報生命科学)の研究を行っています.バイオインフォマティクスとは,コンピュータを使って生命の仕組みを解明する,もしくはそのための情報技術を開発する分野です.
浅井研究室では、情報学の立場から生命を理解するための研究をおこなっています.その基盤として、確率的な枠組みを中心とした数理的な理論を重視しており,新しいアルゴリズム・ソフトウェアの開発とその応用に取り組んでいます.我々は、誰か他の人の作ったソフトウェアを使って生物データを解析する人たちではありません.我々は,ソフトウェアをブラックボックスとして解析をしたくないのです.
中心的な研究テーマはゲノム情報解析とRNAインフォマティクスですが,学生は自由に研究テーマを選ぶことを研究室の方針にしています。単に生物学に役立つ計算機利用技術を開拓するのではなく,情報学の立場から,生命現象をどのように理解し,モデル化し,抽象化するのか,を考えていきましょう.現在、学生は全員、お台場にある産業技術総合研究所人工知能研究センター(AIRC)で研究しています。

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