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My CV

University of Tokyo
(1) Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences
(2) Department of Bioinformatics and Systems Biology Faculty of Science

Concurrent Positions
(1) Artificial Intelligence Research Center (AIRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology

  • 教育
    • 講義関連情報(含講義資料)
    • 担当講義
      • 駒場講義「生物情報科学」(1コマのみ)
      • 駒場全学体験ゼミナール「コントラクトブリッッジ」
      • 駒場4学期講義「生物情報学基礎論Ⅰ」(3人で担当)
      • 生物情報学科3年夏学期講義 「ゲノム配列解析論1」「ゲノム配列解析論2」
      • メディカル情報生命専攻講義 発展講義Ⅰ
      • メディカル情報生命専攻講義 情報生命科学特別講義Ⅲ
  • Publications listPublications in traditional style
  • 研究に対する考え方
    確率的な枠組みを中心とした数理的な理論とその応用によって、生命科学、特にゲノムに関連した生命現象の解明を目標にバイオインフォマティクスの研究をしています。次世代シークエンサーからの大規模な配列データを扱うための理論・アルゴリズム・ソフトウェアの開発とそれを用いた実験生物学者への情報解析支援、 RNAの配列・構造の情報解析を専門にしています。隠れマルコフモデル(HMM)、確率文脈自由文法(SCFG)などの確率文法、条件付確率場(CRF)などの確率モデルを含め、様々な機械学習手法を活用し、 新しい動的計画法(DP)のアルゴリズムを工夫したりしながら、 実用的なソフトウェアを開発することにも取り組んでいます。 単に生物学に役立つ計算機利用技術を開拓するのだけではなく、 情報学の立場から、生命現象をどのように理解し、モデル化し、抽象化するのかを考えて研究しています。
  • 主なプロジェクト
    • 新学術領域研究(科研費) 『学術研究支援基盤形成』 先進ゲノム支援 (2016年度~)(Web Page
      支援活動では、RNA-seqの情報解析支援を中心に、次世代シークエンサーを活用するための配列情報解析支援を行なっています。さらに、支援に役立つ新しいアルゴリズム・ソフトウェアの開発を行っています。
    • 科研費基盤A 「エピとランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術の開発」(2016年度~)
      修飾塩基を含むRNAの2次構造情報解析を行うために必要なエネルギーパラメータを、分子シミュレーション計算と実験を組み合わせて決定する研究を行なっています。
    • CREST「ゲノム合成」「化学を基盤とするゲノムスケールDNA合成技術の開発」(2018年度〜)
    • CREST「人工知能」「プライバシー保護データ解析技術の社会実装」(2019年度~)
      準同型暗号や秘密分散技術の応用として、データの内容を秘匿したまま計算を行う秘匿計算技術が注目されています。我々は、秘匿計算を活用して、プライバシーを保護しつつデータ解析を行う技術を用いた実社会で役立つアプリケーションを、容易に開発できる環境を構築することを目指しています。ゲノムのプライバシーを考慮したデータマイニングは有力な応用の一つです。
    • AMED「次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業」(2018年度〜)
      低分子抗体の構造・配列を最適化するためのルールを抽出するための研究を行なっています。生物配列情報解析技術と機械学習を組み合わせ、大規模な実験データと組み合わせて最適化に取り組みます。

    • NEDO「植物等の生物を用いた高機能品生産技術の開発/高生産微生物創製に資する情報システムの開発」
      物質生産を効率化するための配列設計技術を研究しています。
  • 過去のプロジェクト
  • 古いHP