Asai's photo
My CV

University of Tokyo
(1) Department of Computational Biology and Medical Sciences, Graduate School of Frontier Sciences
(2) Department of Bioinformatics and Systems Biology Faculty of Science

Concurrent Positions
(1) Artificial Intelligence Research Center (AIRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology

  • Publications listPublications in traditional style
  • 研究に対する考え方
    確率的な枠組みを中心とした数理的な理論とその応用によって、生命科学、特にゲノムに関連した生命現象の解明を目標に研究しています。 隠れマルコフモデル(HMM)、確率文脈自由文法(SCFG)などの確率文法、 サポートベクターマシン(SVM)で有名になったカーネル法などを研究して活用するとともに、 新しい動的計画法(DP)のアルゴリズムを工夫したりしながら、 実用的なソフトウェアを開発することにも取り組んでいます。 単に生物学に役立つ計算機利用技術を開拓するのではなく、 情報学の立場から、生命現象をどのように理解し、モデル化し、抽象化するのかを重視しています。
  • 主なプロジェクト
    • 新学術領域研究(科研費) 『学術研究支援基盤形成』 先進ゲノム支援 (H28年度~)(Web Page)支援活動では、RNA-seqの情報解析支援を中心に、次世代シークエンサーを活用するための配列情報解析支援を行なっています。さらに、支援に役立つ新しいアルゴリズム・ソフトウェアの開発を行っています。
    • 科研費基盤A 「エピとランスクリプトーム解析のためのRNAインフォマティクス基盤技術の開発」(H28年度~) 修飾塩基を含むRNAの2次構造情報解析を行うために必要なエネルギーパラメータを、分子シミュレーション計算と実験を組み合わせて決定する研究を行なっています。
    • CREST「人工知能」「安全な秘匿化データ処理を実現する汎用依頼計算技術」(H28年度~)
    • 「次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業」(2-1-3)
      supported by AMED under Grant Number 18ae0101055h0001.
  • 過去のプロジェクト
  • 古いHP